上次介绍了一个网络服务叫地沟，今天再介绍一个我最近几天在尝试用的好东西吧，citeulike，我叫它“引你喜欢”。

对于研究生和做科研的人来说，必不可少的事是读文献。（在北京的保福寺的研究僧称之为读经文。）读文献是一切科研工作中的第一步，重要性不言而喻。面对浩如烟海的文献，我们需要一个好办法管理起来，为了三个目的：

1. 方面查找、分类、阅读文献；
2. 方便引用；
3. 跟踪相关文献和相关领域的研究者。

先说说如果不用任何文献管理工具的情况。我们往往这么干：

1. 到网上下载文献，通过作者、关键词或者标题的搜索，找到文献，然后下载一个pdf文件；
2. 把这个pdf放在自己机器里的不知道什么地方，有可能读，也有可能就忘了读没读；
3. 需要用到得时候，已经想不起来了，即使能想起来，也需要重新去搜索一遍才能知道引用代码；
4. 所有人都在重复这样做，缺乏交流和分享，大量的重复。

citeulike就是解决上面这些问题的。说说我的体会：

当你到你的专业领域的数据库网站找到你感兴趣的某个文献后，先别着急下载，通过一个citeulike的按键可以把这个文献添加到你的账户里。添加后会自动编排好文献的基本信息以及下载链接等，这里面靠的是国际通行的编码系统。你不用担心你的专业的文献不被识别。基本上这个世界上所有的正规出版物，都会具有一个国际统一的编号，这种编号有几种体系，下面顺便介绍一下吧：

• DOI编码：例如 doi: 10.1088/1009-9271/7/1/08 是我的一篇论文；
• PubMed ID：针对生命科学和医学领域的文献；
• ISBN：全称是“国际标准书号”，例如9787533533687是我参与写作的一本书的编号。

基本上我们要读的文献都可以通过上面三个编码定位，citeulike就会按照格式编排进去。同时，可以让用户自己定义这篇文献的标签。在这之后，我们的图书馆里就有了这样一篇文献。接下来要干的事和上一篇博客中地沟的故事很像，你可以看到这篇文献还有那些人也添加在自己的图书馆中了，这些人可能是和你有一样研究方向和领域的同行，那么，跟踪他们将对你非常有利，citeulike提供这种联系功能。你可以直接和他交流，也可以查看他还添加了哪些其他文献，也许这当中有潜在的对你有用的。

在citeulike里，还可以创建自己的兴趣小组，也可以加入别人的小组共同分享文献。可以针对文献作出评论、记笔记。当然，最方便的是可以直接输出一批需要引用在你自己论文里的参考文献的引用格式，排序自然也不在话下。

我的图书馆是 http://www.citeulike.org/user/hippoh 欢迎关注，欢迎交流科学文献。这种类型的网站服务，只有当用户数量达到一定规模之后才能越用越出色。希望年轻的同学们都一起来尝试使用新技术带来的新科学方法吧。

最后说一句，citeulike的开发合作者是著名的斯普林格出版社，这是一家国际著名的专门出版学术著作和期刊的公司，总部就在海德堡。

diigo，念做“地沟”吧。是最近开始试用的一个网络服务。本质上，它等于网络书签+网页标注+社会化网络。这个等式是一个一层一层递进的关系，由于这种一层一层的发展，使得diigo这个看似简单的概念，可以应用于深刻的科学研究中和生活中。

我们一点一点说吧。

首先说书签，这个很简单，就是收藏夹。不用ie而改用火狐的人都知道现在不说收藏夹了，现在流行说书签了。书签就是当你看到一个有意思的有用的网页时，可以把它的地址存起来，以后方便直接去继续看。我们都会把自己常用的银行、论坛等等收藏为书签。但有个问题，这些只在自己的电脑上，如果用别人的电脑，就没办法使用自己的书签了。于是有人发明了书签同步工具和网站，比如著名的delicious就是用户最多的一个，你只要登录这个网站就可以看到自己存过的书签。这个概念没什么特别的，其实你可以把你想记住的东西写在博客里，别的地方也能看到，道理一样的。

但是diigo在这个基础上加入了网页批注功能，这就是创新了。当你看一个网页的时候，你可能并不对整个网页都有兴趣，而是只关心其中的一句话。于是你可以用diigo工具把这一句话用醒目的颜色显示（同时把这个网页存成书签）。那么之后，无论你在什么地方打开这个网页，只要你同时连接了diigo，你的网页都会用醒目的颜色显示你标识过的那句话。当然，你并没有篡改人家的网页本身，不用diigo的人看到的还是未经涂改的网页。也就是说你对一个网页的动手动脚，都被存成了一个蒙板，就像是在一个透明玻璃纸上写写画画一样，每次打开这个网页，diigo就把这张玻璃纸盖在网页上。看起来不错对吧？还没完。

diigo顺应潮流地引入了社会化网络的功能。可能你不知道这个概念，但你一定用过facebook和twitter或者开心、人人和新浪微博，这些都是社会化网络（通常国外的社会化网络是被GFW封禁的重灾区），它允许你创建一个账户，发表自己的信息，还可以和其他人分享。diigo不就是批注网页和保存收藏夹么？为什么也要社会化？精髓正在于此，举个例子吧。比如我要计划去马德里玩，我找到一个关于马德里的网页，比如维基百科上的madrid词条的页面。然后，我会发现同时还有另外4个人也把这个页面加入了收藏夹了（可能还有别人，但是没公开）。我可以去浏览其中一个人。我会发现这个人关于马德里一共收藏了2个网页，其中一个是刚才我也收藏了的，另一个网页便是我获取的新的信息了。概括一下说，社会化网络让我们通过共同的兴趣点，连接他人，再通过他人的兴趣点扩大自己的知识。这是社会化网络的核心意义。

在这个基础上，diigo进一步引入了已经广泛应用了的大众分类概念，也就是标签概念。打个比方，比方一个图书馆，没有做任何的图书分类，而是把所有书堆在一起。但是图书馆允许每一个读者根据自己的喜好和知识给书上贴标签。比如《爱因斯坦传》这本书，有人贴上“人物传记”标签，也有人贴上“科普读书”标签，还有人贴上“旧书”标签。这些标签是另一种意义的分类，我们不需要打造一个一个不同类别的书架把书分门别类的放起来，而是将分类这个概念动态化。现在《爱因斯坦传》这本书被贴了三个标签，就好像是被复制成了三本书，当读者查找任何一个标签时，都会找到这本书列在其中。如果贴标签的人很多，你还能发现有100个人给它贴了“人物传记”，只有2个人给它贴了“旧书”，于是你知道这本书在人群中大概是个什么印象，当然最终的分类选择权属于你，你可以在看到别人的这些标签之后给它贴一个“10年以前的不好看的书”标签。

那么，我们现在可以在这个基础上进一步想象。比如能不能读一篇论文的时候，也在pdf文件上加批注，然后所有我们标记了的和批注的内容被自动整合到一个文档里（这个文档就是我们对这篇论文的理解）然后也收藏起来并且加上标签再分享出去？再进一步，图像能不能一边看一边在里面写批注？视频能不能？声音能不能？三维场景能不能？还是上面的例子，在我们研究马德里的时候可能会发现有人分享了一首《西班牙进行曲》，我们播放这个曲子会发现在不同的位置有人分别插入了自己的评论和理解，于是我们找到一个感兴趣的评论和这个评论的作者，然后发现这个人还评论过一段视频，而这个视频恰恰是我们过去不了解的。我们在这个视频里发现了一个未知的建筑物，于是我们把我们的问题插入这个视频的建筑物片段，将来有一天，可能了解这个建筑物的人会通过我们的标签给我们回答问题……

欢迎关注和联系我的diigo  http://www.diigo.com/user/hippoh

办公室的环境：

ubuntu

主机：lupus.ari.uni-heidelberg.de

id：sgao

外部访问主机：welcome.ari.uni-heidelberg.de

id：shuangg

以上两个的密码不同。

外部访问时需先连接外部主机，然后ssh到lupus

本地环境：

windows

winscp

putty

设置：

1. 安装winscp；下载放好putty。
2. winscp中新建一个连接，填写hostname为lupus.ari.uni-heidelberg.de，用户名sgao，填好密码，类型选scp。连接下的Tunnel选项下填好外部主机名和登录信息，保存。
3. 直接运行即可连接，呈现ftp类似界面。
4. putty中填写hostname为welcome.ari.uni-heidelberg.de，端口默认22，连接方式选ssh，连接下的data项中填好自动用户名，ssh项中填写远程命令ssh sgao@lupus.ari.uni-heidelberg.de，保存即可。
5. 用putty访问时，连接后首先提示输入外部主机的密码，然后输入lupus的密码，然后返回提示符，默认shell为bash。
6. winscp用于存取文件操作，putty用于命令行运行程序，IDL等。