64位机器在Ubuntu 11.10 下安装IDL 7.0 的小问题

最近在64位的机器上装IDL,本身操作很简单,在/usr/local/itt 下解压缩包后运行 install 然后一路按y就装好了。实际上所有的程序文件都已经在压缩包里放着里,所谓安装,只不过是自动建立了一套shell脚本而已。按理说,这样装好之后,在pro文件所在的工作目录下运行idl就可以了,理论上讲可以是任何一个位置,因为shell里自动把路径设置好了。

但是我在运行的时候出现一行报错:

exec: 523: /usr/local/itt/idl/bin/bin.linux.x86/idl: cannot be found

我明明可以在那个路径下看到idl存在,却说不存在,特别奇怪。问了几个人都没有遇见过这样的问题,在网上也没找到相关的解答。同时,路径下还有一个bin.linux.x86_64目录。32位的目录和64位的目录共存。

由于机器是64位的,但是报错确实发生在32位的路径下,而不是在64位的位置。这让我怀疑是对64位的兼容性出了问题。我打开 /usr/local/itt/idl/bin/idl 文件,看到这是一个设置不同硬件平台对应的不同调用程序的shell文件。其中在关于linux的部分,写着

ARCH=".x86"

我恍然大悟,赶快在后面补上_64,保存,退出。运行idl,一切OK。问题解决。

3G上网体验

前段时间连续两周家里断网了。我住的是私人的房子,房东办的DSL网络,通过无线路由器让全楼的人无线连入,速度不错。所谓全楼,其实也就是不超过10个人在用。

房东不在家,我们一个楼的人都没办法了。既不知道网络公司也没办法联系房东。就算把网络公司叫来维修,也进不去房东的房间,不能检查网线。我已经测试过了路由器,肯定是外线的问题。

等了两个星期了,每天只能吃了饭再回办公室。要是自己去新装一个有线网络,至少等1个月,而且需要房东同意,还需要有一个固定电话线才行。租房的人自己装网络几乎是不可能的了。

唯一可行的办法就是用3G网络。通过手机信号上网,把一个sim卡做成无线网卡插上之后就可以用了,只要有手机信号就有网络。德国目前比较便宜的就是O2公司的了,分为包月和预付费两种。

包月的20块钱,但是每个月只有5G流量(上传下载相加),超过之后也能用,但是速度会特别慢,只有64k每秒,相当于20年前的拨号上网,完全没办法用。预付费的方式不错,每天3.5欧,随时充值随时用,一天有1G的流量。

忍了两个星期忍无可忍了,我去主街上找个O2店办了一个。现在办还赠送5天的免费使用。就是提供5个密码,输入一个就激活使用1天,1G流量,7.2M每秒的速度。一个人用足够了。我把东西弄回来用了一天,终于可以在家上网了,呵呵。结果第二天还准备用,发现家里的网络恢复了。

还剩下4天的激活码,以后随时可以用。再想用,只要充值就可以了,很方便,用信用卡、发短信、买充值卡都可以完成充值,随时充随时用。

首先把sim拿出来装入O2的surf stick里,然后插在usb口上,电脑会把它当做一个普通u盘读取,安装里面的程序就行了。安装之后启动O2的网络管理程序,可以在里面监测流量、充值、连接和断开网络。当然,直接把usb拔下来也可以断网。

在海德堡的河边使用,信号满格,用了6个小时没有断过,稳定正常。而且这是德国唯一一个开放所有端口的网络服务。理论上,无论是BT、网络视频、QQ视频、msn、ppstream等等,都可以使用。

后来我发现,这个surf stick是中国的华为公司生产的。也就是说,回国也能用,只要换上中国移动中国联通的sim卡。

利用citeUlike管理文献

http://www.citeulike.org

上次介绍了一个网络服务叫地沟,今天再介绍一个我最近几天在尝试用的好东西吧,citeulike,我叫它“引你喜欢”。

对于研究生和做科研的人来说,必不可少的事是读文献。(在北京的保福寺的研究僧称之为读经文。)读文献是一切科研工作中的第一步,重要性不言而喻。面对浩如烟海的文献,我们需要一个好办法管理起来,为了三个目的:

  1. 方面查找、分类、阅读文献;
  2. 方便引用;
  3. 跟踪相关文献和相关领域的研究者。

先说说如果不用任何文献管理工具的情况。我们往往这么干:

  1. 到网上下载文献,通过作者、关键词或者标题的搜索,找到文献,然后下载一个pdf文件;
  2. 把这个pdf放在自己机器里的不知道什么地方,有可能读,也有可能就忘了读没读;
  3. 需要用到得时候,已经想不起来了,即使能想起来,也需要重新去搜索一遍才能知道引用代码;
  4. 所有人都在重复这样做,缺乏交流和分享,大量的重复。

citeulike就是解决上面这些问题的。说说我的体会:

当你到你的专业领域的数据库网站找到你感兴趣的某个文献后,先别着急下载,通过一个citeulike的按键可以把这个文献添加到你的账户里。添加后会自动编排好文献的基本信息以及下载链接等,这里面靠的是国际通行的编码系统。你不用担心你的专业的文献不被识别。基本上这个世界上所有的正规出版物,都会具有一个国际统一的编号,这种编号有几种体系,下面顺便介绍一下吧:

  • DOI编码:例如 doi: 10.1088/1009-9271/7/1/08 是我的一篇论文;
  • PubMed ID:针对生命科学和医学领域的文献;
  • ISBN:全称是“国际标准书号”,例如9787533533687是我参与写作的一本书的编号。

基本上我们要读的文献都可以通过上面三个编码定位,citeulike就会按照格式编排进去。同时,可以让用户自己定义这篇文献的标签。在这之后,我们的图书馆里就有了这样一篇文献。接下来要干的事和上一篇博客中地沟的故事很像,你可以看到这篇文献还有那些人也添加在自己的图书馆中了,这些人可能是和你有一样研究方向和领域的同行,那么,跟踪他们将对你非常有利,citeulike提供这种联系功能。你可以直接和他交流,也可以查看他还添加了哪些其他文献,也许这当中有潜在的对你有用的。

在citeulike里,还可以创建自己的兴趣小组,也可以加入别人的小组共同分享文献。可以针对文献作出评论、记笔记。当然,最方便的是可以直接输出一批需要引用在你自己论文里的参考文献的引用格式,排序自然也不在话下。

我的图书馆是 http://www.citeulike.org/user/hippoh 欢迎关注,欢迎交流科学文献。这种类型的网站服务,只有当用户数量达到一定规模之后才能越用越出色。希望年轻的同学们都一起来尝试使用新技术带来的新科学方法吧。

最后说一句,citeulike的开发合作者是著名的斯普林格出版社,这是一家国际著名的专门出版学术著作和期刊的公司,总部就在海德堡。

diigo试用中

http://www.diigo.com

diigo,念做“地沟”吧。是最近开始试用的一个网络服务。本质上,它等于网络书签+网页标注+社会化网络。这个等式是一个一层一层递进的关系,由于这种一层一层的发展,使得diigo这个看似简单的概念,可以应用于深刻的科学研究中和生活中。

我们一点一点说吧。

首先说书签,这个很简单,就是收藏夹。不用ie而改用火狐的人都知道现在不说收藏夹了,现在流行说书签了。书签就是当你看到一个有意思的有用的网页时,可以把它的地址存起来,以后方便直接去继续看。我们都会把自己常用的银行、论坛等等收藏为书签。但有个问题,这些只在自己的电脑上,如果用别人的电脑,就没办法使用自己的书签了。于是有人发明了书签同步工具和网站,比如著名的delicious就是用户最多的一个,你只要登录这个网站就可以看到自己存过的书签。这个概念没什么特别的,其实你可以把你想记住的东西写在博客里,别的地方也能看到,道理一样的。

但是diigo在这个基础上加入了网页批注功能,这就是创新了。当你看一个网页的时候,你可能并不对整个网页都有兴趣,而是只关心其中的一句话。于是你可以用diigo工具把这一句话用醒目的颜色显示(同时把这个网页存成书签)。那么之后,无论你在什么地方打开这个网页,只要你同时连接了diigo,你的网页都会用醒目的颜色显示你标识过的那句话。当然,你并没有篡改人家的网页本身,不用diigo的人看到的还是未经涂改的网页。也就是说你对一个网页的动手动脚,都被存成了一个蒙板,就像是在一个透明玻璃纸上写写画画一样,每次打开这个网页,diigo就把这张玻璃纸盖在网页上。看起来不错对吧?还没完。

diigo顺应潮流地引入了社会化网络的功能。可能你不知道这个概念,但你一定用过facebook和twitter或者开心、人人和新浪微博,这些都是社会化网络(通常国外的社会化网络是被GFW封禁的重灾区),它允许你创建一个账户,发表自己的信息,还可以和其他人分享。diigo不就是批注网页和保存收藏夹么?为什么也要社会化?精髓正在于此,举个例子吧。比如我要计划去马德里玩,我找到一个关于马德里的网页,比如维基百科上的madrid词条的页面。然后,我会发现同时还有另外4个人也把这个页面加入了收藏夹了(可能还有别人,但是没公开)。我可以去浏览其中一个人。我会发现这个人关于马德里一共收藏了2个网页,其中一个是刚才我也收藏了的,另一个网页便是我获取的新的信息了。概括一下说,社会化网络让我们通过共同的兴趣点,连接他人,再通过他人的兴趣点扩大自己的知识。这是社会化网络的核心意义。

在这个基础上,diigo进一步引入了已经广泛应用了的大众分类概念,也就是标签概念。打个比方,比方一个图书馆,没有做任何的图书分类,而是把所有书堆在一起。但是图书馆允许每一个读者根据自己的喜好和知识给书上贴标签。比如《爱因斯坦传》这本书,有人贴上“人物传记”标签,也有人贴上“科普读书”标签,还有人贴上“旧书”标签。这些标签是另一种意义的分类,我们不需要打造一个一个不同类别的书架把书分门别类的放起来,而是将分类这个概念动态化。现在《爱因斯坦传》这本书被贴了三个标签,就好像是被复制成了三本书,当读者查找任何一个标签时,都会找到这本书列在其中。如果贴标签的人很多,你还能发现有100个人给它贴了“人物传记”,只有2个人给它贴了“旧书”,于是你知道这本书在人群中大概是个什么印象,当然最终的分类选择权属于你,你可以在看到别人的这些标签之后给它贴一个“10年以前的不好看的书”标签。

那么,我们现在可以在这个基础上进一步想象。比如能不能读一篇论文的时候,也在pdf文件上加批注,然后所有我们标记了的和批注的内容被自动整合到一个文档里(这个文档就是我们对这篇论文的理解)然后也收藏起来并且加上标签再分享出去?再进一步,图像能不能一边看一边在里面写批注?视频能不能?声音能不能?三维场景能不能?还是上面的例子,在我们研究马德里的时候可能会发现有人分享了一首《西班牙进行曲》,我们播放这个曲子会发现在不同的位置有人分别插入了自己的评论和理解,于是我们找到一个感兴趣的评论和这个评论的作者,然后发现这个人还评论过一段视频,而这个视频恰恰是我们过去不了解的。我们在这个视频里发现了一个未知的建筑物,于是我们把我们的问题插入这个视频的建筑物片段,将来有一天,可能了解这个建筑物的人会通过我们的标签给我们回答问题……

欢迎关注和联系我的diigo  http://www.diigo.com/user/hippoh

命令行学习20100501

记录几个用到的命令行方式。

从本地链接到机器a,再链接到机器b,local--->a--->b

方法1:

ssh a -t "ssh b"

方法2:

修改文件 ~/.ssh/config为

Host b

Proxy Command ssh a exec nc -q 0 %h%p 2 > /dev/null

再直接ssh b即可,这个方法的缺点是今后将不能直接链接b机器。

删除一个非空目录path

sudo rm -r path

针对一定条件的文件执行命令

find 条件 -exec 'command' {} ;

vpnc设置方法

在/etc/vpnc/hd.conf中写入如下内容

IPSec gateway vpn.uni-heidelberg.de
IPSec ID vpnsrv1-hybrid
IPSec obfuscated secret E480AF0A2880D80C85222140B70D4B45A22458D3D2F07CBC319D1044C13A9105302CD724C12CEFD3BAA566E5ACE6715F808FF9345F437B8B
IKE Authmode hybrid
IKE DH Group dh2
CA-File /etc/vpnc/rootcert

#######
Xauth username 用户名
Xauth password 密码

再下载一个大学提供的rootcert文件放在同样目录中即可。

编译fortran 自由格式程序

方法1:

gfortran 文件名.f90 -o 文件名.o

方法2

gcc 文件名.f90 -o 文件名.o -lgfortran -lgfortranbegin